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五孔洞為集塊岩或凝灰質集塊岩所構成，凝灰質集塊岩之塊礫為黑色不規則狀玄武岩或玄武岩質輝石安山岩，其粒徑大小由數公分至數公尺不等，普遍有不規則之氣孔，氣孔多者類似火山渣或為基性浮岩之狀。  

達悟族人(雅美族人)將五孔洞每個洞口都賦予不同的名稱，並視為忌諱的地方，稱為「惡靈之窩」，為婦女孩童不宜久留的禁地。第一個洞vaRai no volai(蛇窩之意)是蛇的家，第二個洞是休息的地方，第三洞為「相撲洞」，源於朗島與椰油部落角力相撲的地方，傳說兩村人若有事衝突通常在此開始角力相撲於此分出勝負。第五個洞稱之為pangsangsadan意為杵小米之地，傳說附近村莊的老人常在此洞打小米。 

如今五孔洞轉變為蘭嶼的著名景點之一，吸引著眾多的遊客前來朝聖大自然的傑作。海蝕洞中較為陰涼，甚至還會不時地被從岩洞上頭掉下來的小水滴弄濕身體，是個環繞蘭嶼時的避暑好去處，海風吹來，暑意全消。