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爆裂的火山口，經海浪侵蝕而殘留形成的灣澳，當地多稱「湖」。因此，柚子湖之湖，並非我們平常認知上的湖泊。

海階台地東部海岸，有兩個小灣澳，分別為柚子湖與楠仔湖，僅有一岬之隔，各自形成部落。這兩支部落目前皆已遷移，只留下以咾咕石(珊瑚礁岩)砌牆，屋頂鋪水泥瓦的房舍遺跡。

柚子湖也是綠島重要的史前遺址，於日治時期受到學者重視。經考古學家的調查與試掘，發現有大量史前素面陶片、貝器、石器及貝塚、墓葬等，推斷此地的史前人類，與東部、恆春半島族群來往密切，在考古學上具有豐富的學術價值。