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卑南大圳是一個具有歷史的水圳，它最早建於明治31年(1898年)，經歷多次更修。當時的卑南鄉屬於特別行政區，漢人禁止進入開墾，直到昭和11年(1936年)，日人為求軍糧補給再次整修，昭和16年竣工，水圳規模擴大，才有大批漢人移入，建立聚落。

臺東農田水利會有鑑於卑南大圳水利用地的面積廣闊，再加位於臺東著名的小黃山及利吉惡地地形兩個知名景點之間，決定以生態多樣性的理念來整修，特別加強綠美化及休憩設施。  

卑南大圳水利公園亦為臺東山海鐵馬道的景點之一，自臺東鐵道藝術村出發順時針方向行進約位於8至9公里之間。