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海山寺原名為觀音祠，因其朝山傍海改名為「海山寺」，大雄寶殿高72公尺、面積高達100坪，氣勢相當莊嚴，主祀三尊佛像以及三尊菩薩，其中的三尊大佛－釋迦牟尼佛、阿彌陀佛和藥師佛，是從日本殖民統治臺灣時期留傳下來，是相當珍貴的歷史文物，旁祀的伽藍菩薩、韋馱菩薩、地藏王菩薩也年代久遠，使得海山寺成為臺東市的當地佛教祭祀中心。

大雄寶殿的左側是一棟4層樓的建築，內部設置齋堂、講堂、駐寺法師起居室；而在大雄寶殿的右側則是公益組織海山寺護法委員會、悲願婦女會、普賢行願會辦公室及圖書館；大雄寶殿後方有一棟高為三層樓的彌陀殿，是安置信徒遺骨的地方，在兩殿之間設有一個花園，樹木、花草、流水等庭園設施相當豐富。