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新武呂溪的主流上游是大崙溪，發源於中央山脈的三叉山。霧鹿溪和武拉庫散溪為兩條主要上游支流，三條溪在新武部落新武橋匯集，轉向東南流經初來、新興，到池上鄉萬安村改為卑南溪。 

臺東縣政府於民國87年12月4日成立新武呂溪魚類保護區，區域從大崙溪的拉庫拉庫溫泉、霧鹿溪的利稻橋、武拉庫散溪的5.5公里處，這三處開始，到新武呂溪初來橋為止，總長度37.1公里，共計292公頃。 

保護區內能見到的魚類有瀕臨絕種保育類的高身鏟頷魚以及珍貴稀有保育類的鱸鰻和臺東間爬岩鰍。此外，溪流常見魚類還有日本禿頭鯊、褐吻鰕虎、臺灣馬口魚、粗首鱲、菊池氏細鯽、何氏棘魚八等。 

新武呂溪有著清澈乾淨的水質，魚類資源及數量皆豐富，保護區溪流生態變化多樣，提供生物良好生活環境。此溪流域除魚類之外，常見鳥類有鉛色水鶇、小剪尾、河烏、綠簑鷺、夜鷺、小白鷺及磯鷸等。兩棲動物有盤古蟾蜍、日本樹蛙、褐樹蛙、斯文豪氏赤蛙與拉都希氏赤蛙。 

就算不懂魚有什麼種類，在新武呂溪保護區，光是和多不勝數的魚兒在大自然裡暢遊的趣味，就已經足夠樂不思蜀了。