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知本天主堂起源於1954年(民国四十三年)，一开始只是先租一间茅草屋作为传道所，後来买了土地，於1956年(民国四十五年)兴建了知本天主堂，称为「圣母无染原罪堂」。後来渐渐加以扩充，并设立幼稚园、天主教青年集会所等。

後来教堂整建，当时卑南族的曾建次神父在整修时将卑南族的文化融合且落实在教堂的建筑设计之中，教堂是钢筋混凝土结构，由外而内的装饰木雕，都是卑南族文化特色的展现。教堂主要空间是用石板堆成，祭台边缘刻上卑南族的图腾；教堂周围有圣母亭、费道宏神父纪念碑、木雕装置艺术、石板故事围墙(建堂历史和卑南族神话故事)、苦路圣像景观区等，是原住民文化融入西洋宗教的典范。其珍贵的价值，於2004年被台东县政府登录为历史建筑。

走进教堂前，忍不住会被围墙的石板故事所吸引，教堂内外的每根柱子，细致雕刻也令人啧啧称奇，最引人注目的，是那一张张人形木雕座椅，极富卑南族的风格与巧思。不论是不是信徒，知本天主堂的建筑之巧思和文化融合，绝对令人惊艳！