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台东县自然史教育馆前身是民国74年成立於台东县成功镇三仙国小的贝壳陈列馆，民国83年省立博物馆以此为基础，设立台东县自然史教育馆，将原本的贝壳标本做有系统的整理、展示与研究，现有馆藏557种的贝壳标本，同时增设矿物展示室，蒐集世界各地的海洋珍宝及矿石，结合了自然资源和教学的功能，是了解东海岸蕴藏珍贵海洋及山脉资源最好的教室。

台东县自然史教育馆的设立，证明美丽的东海岸拥有的不只是海天山色，来自海洋深处的生物演化证物更是大自然所赐予最神奇的礼物。

台东县自然史教育馆的馆藏贝壳标本，以都被视为活化石的阿当嵩翁戎螺和龙宫翁戎螺最受注目。

阿当嵩翁戎螺是在距今5亿7千万年前即出现的翁戎螺科，在19世纪末又发现现生种，因此被视为活化石。

阿当嵩翁戎螺喜欢吃海绵，不仅拥有大型而美丽的外壳，并具有极高的学术价值，是贝类研究者或集贝者不能错过的珍贵标本。

台东县自然史教育馆的馆藏阿当嵩翁戎螺，是民国86年购置，直径10公分，产地在巴哈马深海。

龙宫翁戎螺也被视为活化石，民国58~59年在钓鱼台列岛海域发现大量龙宫翁戎螺，造成「龙宫贝震撼」，进而促使中华民国贝类学会的诞生。台东县自然史教育馆的馆藏龙宫翁戎螺，直径8.5公分，属小型龙宫翁戎螺，产地在台湾东北海域深海。

台东县自然史教育馆三楼矿物展示室，陈列花莲和台东地区矿石岩石200多件，包括产自海岸山脉的软玉、台湾蓝宝石和总总石等宝石，以原石和雕琢品对照方式，提供游客认识和了解这些美石在工艺上的应用和价值。

台湾蓝宝原石第一次出土是日本殖民统治台湾时期，由原住民在都兰山发现，为高70公分，寛30公分，长30公分的蓝色半透明石头，正式揭开东海岸山脉寻宝的热潮。

目前在东海岸山脉除偶尔可以捡到小原石外，原产矿脉已经停产。台东县自然史教育馆的馆藏台湾蓝宝原石高29.5公分，寛21公分，长21公分，是於民国87年购置。