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新武吕溪的主流上游是大仑溪，发源於中央山脉的三叉山。雾鹿溪和武拉库散溪为两条主要上游支流，三条溪在新武部落新武桥汇集，转向东南流经初来、新兴，到池上乡万安村改为卑南溪。 

台东县政府於民国87年12月4日成立新武吕溪鱼类保护区，区域从大仑溪的拉库拉库温泉、雾鹿溪的利稻桥、武拉库散溪的5.5公里处，这三处开始，到新武吕溪初来桥为止，总长度37.1公里，共计292公顷。 

保护区内能见到的鱼类有濒临绝种保育类的高身铲颔鱼以及珍贵稀有保育类的鲈鳗和台东间爬岩鳅。此外，溪流常见鱼类还有日本秃头鲨、褐吻鰕虎、台湾马口鱼、粗首鱲、菊池氏细鲫、何氏棘鱼八等。 

新武吕溪有着清澈乾净的水质，鱼类资源及数量皆丰富，保护区溪流生态变化多样，提供生物良好生活环境。此溪流域除鱼类之外，常见鸟类有铅色水鸫、小剪尾、河乌、绿蓑鹭、夜鹭、小白鹭及矶鹬等。两栖动物有盘古蟾蜍、日本树蛙、褐树蛙、斯文豪氏赤蛙与拉都希氏赤蛙。 

就算不懂鱼有什麽种类，在新武吕溪保护区，光是和多不胜数的鱼儿在大自然里畅游的趣味，就已经足够乐不思蜀了。